根据生态环境部发布的《农村生活污水处理项目建设与投资指南》，因为农村污水排放水量偏小，同等情况下会导致农村污水的吨水投资和电耗、运营费用要高于市政污水厂。但是选用生态处理技术可降低成本。

此前我国各部委颁布的污水处理费政策文件基本上都是针对城市的污水处理费征收管理而制定的，例如《污水处理费征收使用管理办法》（财税〔2014〕151号）及《关于制定和调整污水处理收费标准等有关问题的通知》（发改价格〔2015〕119号）等，未建立健全的污水处理收费机制。城市的污水处理费一般委托当地的自来水公司随水费一同收取，居民缴纳意愿和实际缴费率都比较高。可以说目前我国城镇地区已经基本建立了全面的污水处理收费制度。而对于农村地区的污水处理费收取，国家还未出台相关的政策文件，目前仅有少数省份制定了农村污水处理费征收机制，但也并未覆盖该省的全部区域，而且实际执行效果也有待商榷。